1- توسعه و بكارگيري دانش بشري در زمينه هاي پيشگيري، تشخيص، درمان و توانبخشي كودكان به منظور حفظ و ارتقاي سلامت كودكان
2- انجام پژوهشهاي بنيادي، اپيدميولوژيك و باليني در راستاي بهينه سازي نظام ارايه ي خدمات بهداشتي- درماني كشور به منظور پاسخگويي به نيازهاي جامعه
3- مستند سازي و انتشار دستاوردهاي مركز تحقيقات
4- مشاركت در تربيت نيروي انساني محقق
5- توسعه و ارتقاي سطح توانمندي اعضاي هيئت علمي در جهت ارايه ي خدمات بهينه
6- همكاري علمي با مراكز تحقيقاتي و آموزشي داخل و خارج از كشور